Dynamique Membranaire et Virus

Notre équipe “Dynamique Membranaire & Virus” (MDV) a pour but d’étudier les interactions entre virus et cellules à différentes échelles spatiotemporelles. Les virus étudiés dans le laboratoire nous permettent de mieux comprendre des mécanismes moléculaires et cellulaires fondamentaux et réciproquement, la biologie cellulaire des infections virales nous donne des informations précieuses quant aux processus de subversion virale.

Spécifiquement, nos projets s’articulent autour de 3 axes complémentaires :
  1. Le transport intracellulaire entrant/sortant : comment les virus des hépatites B et C (VHB et VHC respectivement) interagissent avec leurs récepteurs à la surface de la cellule et dans les endosomes lors des étapes d’entrée ? Comment la cellule régule la sécrétion de vésicules extracellulaires et de récepteur viraux transmembranaires néo-synthétisés ?
  2. Manipuler le trafic intracellulaire pour mieux comprendre les cellules et les virus : Caractérisation approfondie du mode d’action d’une molécule antivirale à large spectre qui interfère avec le transport endolysosomal.
  3. L’impact des infections virales sur les fonctions cellulaires via l’induction de réarrangements subcellulaire : Comment les virus Zika et VIH influencent la transmigration des monocytes circulant vers les tissus sains ?

Dans le projet I, nous avons récemment identifier que la DNAseI est encapsidée lors de l'assemblage du VHB (Hallez et al., Nature Microbiol, 2019) et imagé en temps réel l'association Core-DNAseI (Figure 1).


Figure 1. Reconstruction 5D de la dynamique spatiotemporelle de HBV-Core (vert) et DNAseI (rouge).

Dans le projet III, nous avons mis en évidence que les virus Zika et VIH augmentent la transmigration des monocytes au travers de la barrière hémato-encéphalique in vitro et in vivo. Nos résultats renforcent l'hypothèse du "cheval de Troie" (Figure 2).

 
 

Figure 2. Des particules virales dans la circulation sanguine infectent (ou sont capturées par) des cellules du sang qui vont alors transmigrer au travers de l'endothélium, permettant au virus de passer cette barrière imperméable.

Nous manipulons couramment dans le laboratoire les techniques de virologies relatives aux virus VHB, VHC Zika et VIH. Cela inclus : RT-qPCR, Western Blot, cytométrie en flux, immunofluorescence, ARN interférence, plaque assay, …
Nous avons également développé des approches innovantes avancées, notamment les méthodes CRISPR/Cas9, RUSH, imagerie confocale 3D à haute résolution sur cellules vivantes, spectrométrie de masse, système xénotypique sur embryon de poisson zèbre, …

La philosophie du laboratoire est de dépasser les limites méthodologiques, ne pas se dire « ce n’est pas possible », mais plutôt « comment va-t-on y arriver ? » pour aller au-delà des dogmes conceptuels et autres idées reçues.


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L'équipe est affiliée à la Société de Biologie Cellulaire de France (SBCF) et R.Gaudin fait parti des membres élus du conseil de la SBCF depuis 2016.



R.Gaudin a été nominé en tant que "Full member" de la World Society for Virology (WSV) en 2019.


 

Financements


En cours :
  • Atip-Avenir, ANRS, INSERM-région, ANR.

Passés (depuis 2016) :

  • FRM, EMBO LTF, chaire d’attractivité Idex (Université de Strasbourg), Prestige (européen), initiation de collaboration avec la Chine (ambassade franco-chinoise).

Membres de l'équipe


d'en haut à gauche à en bas à droite : Nilda Vanesa Ayala-Nunez, Camille Clément, Raphael Gaudin, Emma Partiot, Maika Deffieu

Members précédents

Eliott Vernier, étudiant Master 1 BIOTIN Montpellier - Aujourd'hui : Master 2 BIOTIN
Cristina Dorobantu, Post-doctorante (EMBO LTF) – Aujourd'hui : chargé de projet à ViroClinics, Rotterdam (Pays-Bas)
Vincent Lucansky, ingénieur de recherche (FRM) – Aujourd'hui : chercheur Biomedical Center Martin JFM CU (Slovaquie)
Ieva Cesonyte, étudiante ESBS – Aujourd'hui : étudiante en thèse chez Dr. van Kuppeveld, Utrecht (Pays-Bas)
Lucie Klughertz, étudiante Master 2 Virologie
Laurine Seltz, étudiante ESBS



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Oct 2019

C'est officiel : Emma Partiot débute sa thèse dans l'équipe MDV ! C'est parti pour 3 ans de transmigration !




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Sept 2019

Le "Spicy challenge", organisé par Vanesa a été un franc succès !




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Aout 2019

Nous ne pouvons pas encore dévoiler son nom, mais il semblerait qu'une nouvelle recrue va être acceuillie en Janvier 2020 dans l'équipe ; et ça malgré le Brexit...


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Aout 2019

Nouvelle revue écrite par Maika et Raphael sur l'imagerie live du virus de l'hépatite B publiée dans Trends Microbiol. Congrats!


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Juillet 2019

Le labo a (enfin) son compte twitter : pour + d'actualités sur nos activités et centre d'intérets scientifiques, abonnez-vous : @Gaudinlab

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Mai 2019

Journée labo : Lancer de hache à Castelnau-le-Lez. Pas de blessés à déplorer





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Avr 2019

Nous sommes heureux d'acceuillir Emma Partiot dans notre équipe à partir du 1er Avril 2019. Emma sera amenée à travailler en collaboration avec tous les membres de l'équipe pour initier son projet de thèse en Septembre.



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Dec 2018

Nos récents travaux publiés ont été mis en avant dans le dernier numéro du magazine de l'Inserm :



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Nov 2018

Bravo à Vanesa qui a gagné le 1er prix de la meilleure présentation orale du SoMM meeting 2018 !




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Nov 2018

Nous sommes heureux d'accueillir Eliott Vernier, étudiant du Master 1 BIOTIN de Montpellier. Il travaillera en lien avec Vanesa et Raphael afin de développer de nouvelles approches méthodologiques (Crispr, microfluidique, ...).




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Oct 2018

Après avoir démarré l’équipe MDV en 2016 en Alsace, nous avons déménagé en direction de Montpellier le 1er Octobre 2018. Quelques déballages de cartons et plusieurs épisodes cévenols plus tard, nous voilà à nouveau prêts pour continuer nos recherches à l’IRIM, dans un environnement scientifique dynamique et stimulant.

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Journée karting Février 2018




Liste Pubmed de Raphael Gaudin

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=raphael+gaudin

Articles depuis 2015 :

* Co-premier auteurs
# Co-corresponding auteurs
  1. Zika virus enhances monocyte adhesion and transmigration favoring viral dissemination to neural cells. Ayala-Nunez NV, Follain G, Delalande F, Hirschler A, Partiot E, Hale GL, Bollweg BC, Roels J, Chazal M, Bakoa F, Carocci M, Bourdoulous S, Faklaris O, Zaki SR, Eckly A, Uring-Lambert B, Doussau F, Cianferani S, Carapito C, Jacobs FMJ, Jouvenet N, Goetz JG, Gaudin R#. Nature Communications. 2019 Sep 27;10(1):4430.
    doi: 10.1038/s41467-019-12408-x.

  2. Imaging the Hepatitis B Virus: Broadcasting Live. Deffieu MS & Gaudin R#. Trends in Microbiology. 2019 Aug 14. pii: S0966-842X(19)30191-X. doi: 10.1016/j.tim.2019.07.007.

  3. Molecularly Distinct Clathrin-Coated Pits Differentially Impact EGFR Fate and Signaling. Pascolutti R, Algisi V, Conte A, Raimondi A, Pasham M, Upadhyayula S, Gaudin R, Maritzen T, Barbieri E, Caldieri G, Tordonato C, Confalonieri S, Freddi S, Malabarba MG, Maspero E, Polo S, Tacchetti C, Haucke V, Kirchhausen T, Di Fiore PP, Sigismund S. Cell Reports. 2019 Jun 4;27(10):3049-3061.e6. doi: 10.1016/j.celrep.2019.05.017.

  4. Hypoxia induced human deoxyribonuclease I is a cellular restriction factor of hepatitis B virus. Hallez C, Li X, Suspène R, Thiers V, Bouzidi1 MS, Dorobantu C, Lucansky V, Wain-Hobson S, Gaudin R#, Vartanian JP#. Nature Microbiology. 2019 Apr 1. doi: 10.1038/s41564-019-0405-x.

  5. Minimal information for studies of extracellular vesicles 2018 (MISEV2018): a position statement of the International Society for Extracellular Vesicles and update of the MISEV2014 guidelines. Théry C, Witwer KW, …, Gaudin R, … (> 300 authors). Journal of Extracellular Vesicles. 2018 Nov 23;7(1):1535750. doi: 10.1080/20013078.2018.1535750.

  6. The actin cytoskeletal architecture of estrogen receptor positive breast cancer cells suppresses invasion. Padilla-Rodriguez M, Parker SS, Adams DG, Westerling T, Puleo JI, Watson AW, Hill SM, Noon M, Gaudin R, Aaron J, Tong D, Roe DJ, Knudsen B, Mouneimne G. Nature Communication. 2018 Jul 30;9(1):2980. doi: 10.1038/s41467-018-05367-2.

  7. The ESCRT-III Protein CHMP1A Mediates Secretion of Sonic Hedgehog on a Distinctive Subtype of Extracellular Vesicles. Coulter ME*, Dorobantu CM*, Lodewijk GA*, Delalande F, Cianferani S, Ganesh VS, Smith RS, Lim ET, Xu CS, Pang S, Wong ET, Lidov HGW, Calicchio ML, Yang E, Gonzalez DM, Schlaeger TM, Mochida GH, Hess H, Lee WA, Lehtinen MK, Kirchhausen T, Haussler D, Jacobs FMJ#, Gaudin R#, Walsh CA#. Cell Reports. 2018 Jul 24;24(4):973-986.e8. doi: 10.1016/j.celrep.2018.06.100.

  8. Blood monocytes sample MelanA/MART1 antigen for long-lasting cross-presentation to CD8+ T cells after differentiation into dendritic cells. Faure F, Jouve M, Lebhar-Peguillet I, Sadaka C, Sepulveda F, Lantz O, Berre S, Gaudin R, Sánchez-Ramón S, Amigorena S. International Journal of Cancer. 2018 Jan 1;142(1):133-144. doi: 10.1002/ijc.31037.
  9. Dynamics of phosphoinositide conversion in clathrin-mediated endocytic traffic. He K, Marsland R, Upadhyayula S, Song E, Dang S, Capraro BR, Wang W, Skillern W, Gaudin R, Ma M and Kirchhausen T. Nature. 2017 Dec 13. doi: 10.1038/nature25146. Highlighted in F1000Prime.

  10. Inhibition of JCPyV infection mediated by targeted viral genome editing using CRISPR/Cas9. Chou YY, Krupp A, Kaynor C, Gaudin R, Ma M, Cahir-McFarland E, Kirchhausen T. Scientific Reports. 2016 Nov 14;6:36921. doi: 10.1038/srep36921.

  11. Membrane dynamics of dividing cells imaged by lattice light-sheet microscopy. Aguet F*, Upadhyayula S*, Gaudin R*, Chou YY, Cocucci E, He K, Chen BC, Mosaliganti K, Pasham M, Skillern W, Legant WR, Liu TL, Findlay G, Marino E, Danuser G, Megason S, Betzig E, Kirchhausen T. Molecular Biology of the Cell. 2016 Nov 7;27(22):3418-3435. Highlighted.
  12. Solute Carrier NTCP Regulates Innate Antiviral Immune Responses Targeting Hepatitis C Virus Infection of Hepatocytes. Verrier ER, Colpitts CC, Bach C, Heydmann L, Zona L, Xiao F, Thumann C, Crouchet E, Gaudin R, Sureau C, Cosset FL, McKeating JA, Pessaux P, Hoshida Y, Schuster C, Zeisel MB, Baumert TF. Cell Reports. 2016 Oct 25;17(5):1357-1368. doi: 10.1016/ j.celrep.2016.09.084.

  13. Identification and characterization of a novel broad spectrum virus entry inhibitor. Chou YY, Cuevas C, Carocci M, Stubbs SH, Ma M, Cureton DK, Chao L, Evesson F, He K, Yang P, Whelan SP, Ross SR, Kirchhausen T#, Gaudin R#. Journal of Virology. Feb 2016. pii: JVI.00103-16.

  14. [Enhancing our single molecule experience using Crispr]. Gaudin R. Médecine/Sciences. Nov 2015 31(11):959-61. doi: 10.1051/medsci/20153111007. Highlighted.

  15. Sorting of small infectious virus particles by flow virometry reveals distinct infectivity profiles. Gaudin R# and Barteneva NS#. Nature Communications. Feb 2015 2;6:6022. doi: 10.1038/ncomms7022.
  • Sarah Cianferani, Christine Carapito, François Delalande et Aurélie Hirschler - LSMBO, Strasbourg
  • Alain Wagner et Guilhem Chaubet – équipe BFC, Illkirch-Graffenstaden
  • Jacky Goetz et Gautier Follain - INSERM U1109, Strasbourg
  • Pascal Thérond, Institut de Biologie Valrose (IBV), Université de Nice, France
  • Nolwenn Jouvenet - Institut Pasteur, Paris
  • Sherif Zaki et Gillian Hale - Center for disease control (CDC), Atlanta, USA
  • Jean Pierre Vartanian - Institut Pasteur, Paris
  • Yves Mély - Faculté de Pharmacie, Illkirch-Graffenstaden
  • Franck Perez et Gaelle Boncompain - Institut Curie, Paris
  • Tao Xu et Eli Song - Institute of Biophysics, Chinese Academy of Science, Beiging, China
  • Chris Walsh et Mike Coulter - Harvard Medical School et HHMI, Boston, USA
  • Ghassan Mouneimne – The University of Arizona Cancer Center, Tucson, USA
We are always looking for motivated students that are interested in our work.

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On Nov 19th, 2018. EXPIRED
 
 


Post-doc position in EV biology


 Study of the secretion of a novel subpopulation of extracellular vesicles

We are looking for a motivated post-doctoral scientist to join the research team “Membrane dynamics & viruses” (MDV) headed by Raphael Gaudin, part of the IRIM UMR9004 - CNRS research institute, Montpellier, France. Our lab is interested in various aspects of intracellular trafficking pathways in health and disease. In particular, we are currently studying secretion of biological entities out of the cells, including extracellular vesicles and viruses. We recently discovered a novel extracellular vesicle subtype containing Sonic Hedgehog (Shh) we called ART-EVs (Coulter, Dorobantu et al. Cell Rep, 2018) and we aim to better characterize these vesicles and their secretory route. The proposed project will take advantage of state-of-the-art imaging techniques, Crispr-Cas9 strategies and other innovative approaches mastered in the lab.

Key words: Exosomes; Extracellular vesicles; Intracellular trafficking; Membrane dynamics; Secretion

Profile and skills of the candidate: You are going to defend or already hold a PhD in Cell biology with experience in membrane trafficking. Previous experience with exosomes or extracellular vesicles is a plus. You are curious, motivated and have a problem-solving mindset. The successful candidate is expected to perform bench work and communicate his/her results through internal and external seminars. The project will be conducted in collaboration with two other labs with in vivo and proteomics expertise. The applicant is expected to speak English, while French is not a prerequisite.

Lab: The institute is located on the CNRS campus of Montpellier in the sunny south of France. We offer an internationally renowned research environment with direct access to modern infrastructures and advanced facilities for imaging and flow cytometry.

Dead line / Starting dates: Mid 2019    

Responsable


Raphaël Gaudin

Chef de l'équipe MDV, CRCN CNRS, HDR



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En bref

L'équipe MDV étudie ce que font les virus aux cellules ... Ou plutôt ce que font les cellules aux virus... Brefs la vie intime des relations virus-cellules

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Financements












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IRIM
Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier
UMR 9004 - CNRS / UM
1919 route de Mende - 34293 Montpellier cedex 5
FRANCE

 

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